當水的pH值低于5.0或高于9.6時，有害作用將變得明顯。由于它們適應更高的pH值，因此在海水魚中，由于酸化引起的不良影響更為明顯。當pH值低于zui佳水平時，魚類容易受到真菌感染和其他物理損害的影響。隨著水的pH值下降，碳酸鈣的溶解度降低，抑制了水生生物中殼的生長。通常，魚的繁殖在pH值低于5.0的情況下會受到影響，許多物種（例如咸水魚或敏感的淡水魚，例如小嘴鱸魚）將離開¹¹地區。當pH值降至4.0¹²以下時，魚開始死亡。

低pH值會促使重金屬12溶解。隨著氫離子含量的增加，鋁，鉛，銅和鎘等金屬陽離子會釋放到水中，而不是被沉積物吸收。隨著重金屬濃度的增加，其毒性也增加。鋁可以限制生長和繁殖，同時以低至0.1-0.3 mg / L²的濃度增加死亡率。此外，生物在呼吸過程中會吸收動員的金屬，從而造成生理損害²2。這對虹鱒13等物種特別有害。

另一方面，高pH值會損害水生生物的g和皮膚，并導致超過10.0的水平死亡。盡管一些非洲麗魚科魚在高pH值（高達9.5）下壯成長，但大多數魚卻不能忍受它們。如果水中有氨存在，甚至在標準水平（9.0）處也可能發生死亡。在低和中性的pH值下，氨與水結合生成氨離子：

NH3 + H2O <=> NH4 + + OH –

NH4 +銨是無毒的，不會影響水生生物。但是，當pH值超過9時，方程式反過來，氨釋放到水中。氨氣NH3對水生生物具有劇毒，并且隨著pH值的升高，死亡率隨NH3濃度的升高而增加。

在生態系統方面，當水的pH值低于5時，苔蘚可能開始侵入水體。在富營養化的湖泊中，耐pH的藻類可以占主導地位，將pH值推至晝夜的zui高和zui低值，形成藻類花并可以殺死它們。湖¹?。